藤樹書院は、慶安元年（1648年）「近江聖人」と呼ばれ、また、「日本陽明学の祖」といわれる中江藤樹の在世中に落成を見た門人たちの学者であり、大正13年（1916年）3月8日付で国の史跡に指定されています。明治13年（1880年）大火事によって焼失しました。大火事の最初院内の宝物はすべて運び出され、現在では、近くの藤樹記念館に保管収蔵されています。書院の建物は2年後の明治15年（1882年）に再建され現在に至っています。 敷地内には、藤樹ゆかりの藤の木や三尺の泉などと称される地下水が湧き出てきます。 書院内部には、中江藤樹と親族が儒式に則ってまつられており、見学や全体についても解説を受けることができます。座敷で、中江藤樹の教えの空気を感じていただければと思います。また、書院近くに、藤樹、常省（藤樹の三男）、藤樹の母の墓所があります。